关键词:
急性淋巴细胞白血病
转录组测序
分子遗传学
融合基因
基因突变
摘要:
目的分析儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)分子生物学特点,初步探索转录组测序(RNA-seq)技术在儿童ALL精准化治疗中的应用价值。方法回顾性分析216例初诊为ALL儿童的临床资料,所有患儿均经骨髓细胞形态学、流式免疫分型、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、荧光原位杂交(FISH)、染色体核型分析及RNA-seq检测确诊,采用多药联合化疗方案进行治疗,并进行随访。分析患儿基本信息、融合基因结果、基因突变情况;比较不同融合基因患儿的年龄、免疫分型、初诊WBC及不同融合基因治疗方案的微小残留病(MRD)缓解率。结果216例初诊ALL患儿中男性122例,女性94例,中位年龄4.8岁,其中132例(61.1%)患儿经RNA-seq检测出融合基因,共检测到73种融合基因。不同初诊年龄患儿的性别、初诊血常规、免疫分型比较无统计学差异(P>0.05)。RT-PCR、RNA-seq检测43种白血病融合基因结果的阳性率分别为35.65%(77/216)、37.96%(82/216),比较无统计学差异(χ^(2)=0.249,P=0.618>0.05)。FISH、RNA-seq检测3种基因重排结果的阳性率分别为30.09%(65/216)、31.02%(67/216),比较无统计学差异(χ^(2)=0.044,P=0.835>0.05)。将患儿在2例及以上的融合基因进行统计分析,在初诊ALL患儿年龄方面,绝大多数(93.7%)ETV6-RUNX1阳性患儿位于<10岁年龄段,6例(54.5%)BCR-ABL1、3例(100.0%)SIL-TAL1、2例(100.0%)GPBP1-GAPDH阳性患儿处于≥10岁年龄段。在免疫分型方面,48例(100.0%)ETV6-RUNX1阳性患儿全部表达B淋系抗原,3例(100.0%)SIL-TAL1阳性患儿全部表达T淋系抗原,2例(66.7%)MLLT10重排阳性患儿表达T淋系抗原,6例(66.7%)MTAP重排阳性患儿表达B淋系抗原,2例(100.0%)HOXA13重排阳性患儿全部表达T淋系抗原。在初诊WBC方面,TCF3-PBX1阳性患儿初诊时更倾向于高白细胞计数(WBC)(≥50×10^(9)/L)。初诊年龄<10岁及≥10岁的ETV6-RUNX1、BCR-ABL1、SIL-TAL1、GPBP1-GAPDH阳性患儿比较,有显著差异(P<0.05);急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)及急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)的ETV6-RUNX1、SIL-TAL1、MLLT10重排、MTAP重排、HOXA13重排阳性患儿比较,有显著差异(P<0.05);初诊WBC<50×10^(9)/L及WBC≥50×10^(9)/L的TCF3-PBX1阳性患儿比较,有显著差异(P<0.05)。202例采用CCCG-ALL2015/2020方案化疗的患儿进行化疗第19天评估点(D_(19))及化疗第46天骨穿评估点(D_(46))骨穿评估(注:3例诱导缓解疗程中死亡患儿未在规定时间点行骨穿评估),D_(19)MRD缓解率<0.01%为57.4%(116/202),D_(46)为94.5%(191/202)。不同融合基因治疗D_(19)的MRD缓解率<0.01%比较无统计学差异(P>0.05)。ph-like重排阳性患儿治疗D_(46)的MRD缓解率≥0.01%为33.33%,低于MRD缓解率<0.01%的66.67%,有显著差异(P<0.05)。7例采用CCLG-ALL2108方案化疗的患儿进行化疗第15天评估点(D_(15))及化疗第33天骨穿评估点(D_(33))骨穿评估,SIL-TAL1、HOXA1重排、MTAP重排阳性患儿的MRD缓解率均无统计学差异(P>0.05)。但值得注意的是,1例存在CDK6-HOXA13融合,D_(15)MRD转阴后在D_(33)评估时MRD很快转阳,另外1例存在MSI2-HOXA13基因的患儿D_(15)、D_(33)MRD均未转阴,但提示HOXA13重排阳性患儿诱导缓解反应疗效可能较差,需加强化疗。通过RNA-seq在120例患儿中检测到白血病相关基因突变,阳性率为55.6%(120/216)。其中变频率最高的前11位基因突变为:KRAS(10.6%,n=23)、NRAS(10.6%,n=23)、FLT3(8.7%,n=19)、NOTCH1(6.4%,n=14)、RUNX1(4.2%,n=9)、TP53(3.7%,n=8)、CREBBP(2.8%,n=6)、IKZF1(2.8%,n=6)、PTPN11(2.8%,n=6)、ATG2B(2.3%,n=5)、ETV6(2.3%,n=5)。B-ALL中突变频率最高的3位基因突变为:KRAS(10.2%,n=22)、NRAS(10.2%,n=22